É presidente da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz). Doutora em Sociologia (1997), mestre em Ciência Política (1989), pelo Instituto Universitário de Pesquisas do Rio de Janeiro .Foi diretora da Casa de Oswaldo Cruz (1998-2005), unidade da Fiocruz voltada para pesquisa e memória em ciências sociais, história e saúde. Participou da elaboração do Museu da Vida, premiado museu de ciência da Fiocruz. Autora de dezenas de artigos, livros e capítulos com reflexões sobre os dilemas da sociedade nacional, sobretudo as ocasiões entre os Brasil urbano e rural, moderno e atrasado. No campo das ciências sociais vem contribuindo através de diferentes iniciativas para o fortalecimento das ações de pesquisa e ensino. Uma de suas realizações foi a criação da Biblioteca Virtual do Pensamento Social (BVPS), em colaboração com a UFRJ e rede de instituições. Participa dos conselhos editoriais dos periódicos: Revista da Sociedade Brasileira de História da Ciência; História, Ciências, Saúde-Manguinhos; Caderno de História da Ciência-Instituto Butantan; Escritos da Fundação Casa de Rui Barbosa; Medical History;e Lancet Covid-19 Commission. OMS (2018), que tem como objetivo otimizar a pesquisa global para os sistemas de saúde dos países, e do grupo consultivo da OMS para a implementação da Agenda 2030 (2019). Lidera as ações da Fiocruz no enfrentamento da pandemia de Covid-19 no Brasil. A instituição, dentre outras iniciativas, criou um novo Centro Hospitalar no campus de Manguinhos; coordena no país o ensaio clínico Solidarity da Organização Mundial da Saúde (OMS); aumentou a capacidade nacional de produção de kits de diagnóstico e processamento de resultados de testagens; organizou ações emergenciais junto a populações vulneráveis; ofereceu cursos virtuais, para profissionais do Sistema Único de Saúde (SUS), de manejo clínico e atenção hospitalar para pacientes de Covid-19; lançou manual de biossegurança em escolas; e tornou-se laboratório de referência para a OMS em Covid-19 nas Américas.
Criou o Observatório Covid-19, rede transdisciplinar que realiza pesquisas e sistematiza dados epidemiológicos; monitora e divulga informações, para subsidiar políticas públicas, sobre a circulação do novo coronavírus e seus impactos sociais em diferentes regiões no Brasil. O Observatório Covid-19, por sua vez, está associado ao projeto de organização do Núcleo Interdisciplinar de Emergências em Saúde (NIES), que será um centro de estudos sociais da ciência e da saúde a ser instalado na Fiocruz mediante apoio do Wellcome Trust. Toda a atuação de Nísia Trindade Lima como gestora e intelectual está baseada na promoção do valor social da ciência no Brasil e na realização de ações que aproximem a ciência da sociedade.